さくらのVPSに独自ドメインを設定する
まあ、せっかくだし自分でとったドメインを設定したいじゃないですか、ということで。ムームードメインで取得したドメインをさくらのVPSと関連づける方法を紹介します。
ムームードメイン(ドメイン)側の設定
今回例として用いるドメインは実は取りたてホヤホヤです（この画面ではまだ取得すらしてない）。
ドメイン情報等入れる欄の後にネームサーバを指定する場所があります。ここにさくらインターネットが指定するネームサーバのアドレスを指定します(執筆時点ではns1.dns.ne.jpとns2.dns.ne.jp)。
Whois等で調べてネームサーバがちゃんとさくらインターネットのものになっていれば、ドメイン側の設定はオーケーです（反映されるまで少し時間がかかります）。
さくら側(ネームサーバ)の設定
Whoisでネームサーバまでたどり着いてもそのネームサーバがドメインに対応するアドレスを知らないと意味がないということで。
まず、VPS側のコンパネから「ネームサーバ登録」を選択します。
すると、こんな画面が出てくると思います（「ネームサーバ新規登録」からも同じ画面が出てくるかと）。私の場合、5つまでドメインを設定することが可能なようです。取得したドメイン名（example.com等）を入力し、ドメインリストからゾーン編集を選択します。
「詳細設定」を選びます。
値のところにVPSのグローバルIPアドレスなどを入力します。サブドメインに割り当てたいなどの要望がない限りはエントリ名は空白で構いません。入力が完了したら新規登録をクリックします。全ての設定が終わったら左側の「データ送信」をクリックしてネームサーバにゾーン情報を送信します。
接続の確認
しばらく待ってから自分が設定したドメイン名でssh接続できることを確認します。mac環境では、ネームサーバの情報をプログラムがキャッシュしてしまっている場合があるので、こちらを参考にするなどして、接続できることを確認します。
追記：逆引きレコードも更新する
これだけでも十分なのですが、これだとnslookupなんかでIPアドレス引くと元のVPSのホスト名が返ってきちゃう＞＜ということで、その設定もしてみましょう。
※基本的には、本家マニュアルに書いてあります。
やり方は簡単で、VPSホームのホスト名の隣にある「変更」ボタンから修正するだけ！あっさりですね。
さらに追記：もう一つ、/etc/hostsファイルのループバックアドレスに独自ドメインを追記してあげると、sudoした時に怒られないで済むようです。